Cis pospolity to krzew lub niewielkie drzewo iglaste, które może osiągać wysokość do 20 m i około 50 cm średnicy. Rośnie bardzo wolno, początkowo do 10-15 cm rocznie, potem przyrost ustaje. Korona, która w młodości jest stożkowa, później zaokrągla się. Kora jest gładka, cienka, łuszcząca się dużymi płatami, barwy od czerwonej do brunatno szarej. Bardzo gęsta, szeroka korona, często wielopniowa, jest zawsze zielona. Igły są miękkie, zaostrzone, spłaszczone i często łukowato wygięte, z wierzchu ciemnozielone, od spodu jaśniejsze. Układają się na gałązkach w dwóch szeregach i żyją od pięciu do ośmiu lat. Cis jest drzewem dwupiennym tj. mającym kwiaty jednopłciowe występujące na oddzielnych osobnikach - męskich i żeńskich. Kwiaty męskie pojedyncze lub w niewielkich kłosach, kwiaty żeńskie rozmieszczone pojedynczo. Kwitnie w kwietniu, maju. Owoce okryte czerwoną osnówką na osobnikach żeńskich dojrzewają jesienią. Osnówka przyczynia się do roznoszenia nasion przez ptaki. Osnówka to mięsiste zgrubienie owocowe rozwijające się wokół nasion. Czerwona, mięsista, osnówka o słodkim smaku, jaką posiada cis jest jadalna, pozostałe jego części kora, igły i gałązki cisa włącznie z nasionami są trujące. Cis nie wytwarza żywicy. Jego drewno jest twarde, sprężyste, ciężkie o twardzieli wiśniowo-brązowej (nazwane jest "staropolskim żelazem"). Z tego powodu używane było do wyrobu broni - łuków i kusz, wskutek czego cis został prawie całkowicie wytępiony. Dlatego już w roku 1423 jego ochronę wprowadził król Władysław Jagiełło w celu zapewnienia ciągłości jego zasobów. Jest gatunkiem ściśle chronionym na terenie całego kraju Większe populacje cisa stanowią w Polsce olbrzymią rzadkość i dlatego chroni się je w rezerwatach. Cis pospolity rośnie wolno, lecz żyje długo nawet ponad 1000 lat. Rozproszone stanowiska cisa spotkać można w całej Europie środkowej. W Polsce występuje wszędzie w dużym rozproszeniu, brak go zupełnie w części środkowej i wschodniej.
Cis jest najstarszą rośliną chronioną w Polsce! Najstarszym drzewem w Polsce jest cis, który rośnie na Dolnym Śląsku w Henrykowie Lubańskim (wiek ok. 1250 lat i ponad 5 m obwodu!). Największe w Polsce skupisko cisa (liczące kilka tysięcy drzew) leży w Borach Tucholskich i chronione jest w Rezerwacie Cisów Staropolskich we Wierzchlesie im. Leona Wyczółkowskiego (największe skupisko cisów na stanowisku naturalnym w Europie).